Điều làm nên sự khác biệt và sức hấp dẫn đặc trưng của món bún này chính là phần mắm nêm. Đây là loại mắm phổ biến ở miền Trung (còn gọi là mắm cái), được ủ từ cá cơm nguyên con, nổi tiếng với hương thơm nức mũi và vị đậm đà.

Để chế biến phần nước chấm "thần thánh" cho món bún mắm nêm, người Đà Nẵng đã nâng tầm hương vị của mắm nêm nguyên chất bằng một công thức pha chế tinh tế:
- Pha chế: Mắm nêm được gạn lấy nước cốt, sau đó pha trộn cùng các nguyên liệu tạo vị khác:- Thơm (dứa) băm vụn hoặc xay nhuyễn: Đây là nguyên liệu không thể thiếu, giúp nước mắm có vị ngọt dịu, hương thơm nồng nàn đặc trưng và tạo độ sệt nhẹ.
- Ớt, tỏi giã nhuyễn: Tạo vị cay nồng, làm dậy mùi mắm và cân bằng hương vị.
- Chanh và đường: Được gia giảm tùy khẩu vị để tạo vị chua ngọt vừa vặn.
 
- Bí quyết: Để nước mắm nêm được ngon nhất, nên trộn thơm, ớt, tỏi trước, đợi vài phút để nước thơm hòa vị với mắm rồi mới thêm chanh và đường, tránh hỗn hợp bị chua hay ngọt gắt.
- Hoàn thiện: Có thể rắc thêm ít dầu hành phi giòn và tương ớt muối (loại tương ớt cay nồng, không phải loại dẻo ngọt phá vị) để tăng thêm hương vị và độ hấp dẫn.
Phần nước chấm sau khi hoàn thành sẽ có độ sệt vừa phải, hài hòa đủ vị cay, chua, mặn, ngọt và nồng hương thơm trái dứa, đủ sức "quyến rũ" ngay từ đũa đầu tiên.

