Chùa Trúc Lâm Huế không phải là một ngôi chùa "mới nổi" mà có nguồn gốc từ cuối thế kỷ 19, gắn liền với những nhân vật lịch sử quan trọng trong phong trào chấn hưng Phật giáo Việt Nam. Theo sử liệu, chùa được khởi xướng vào mùa xuân năm Ất Mùi (1895) dưới triều Thành Thái, bởi một nữ tu sĩ tài đức: Sư bà Diên Trường (thế danh Hồ Thị Nhàn, sinh năm 1863). Bà là thành viên dòng họ Hồ Đắc danh giá ở Huế, xuất gia năm 1898 tại Tổ Đình Từ Hiếu sau khi mất chồng và con trai sớm. Ban đầu, Sư bà trùng tu chùa Phổ Quang (hay Phú Quang) ở dốc Bến Ngự, nhận sự hỗ trợ từ Thái hoàng Thái hậu Trang Ý Thuận Hiếu (ban hai mẫu ruộng). Tuy nhiên, do khu vực ngày càng ồn ào với đường xe lửa và dân cư, bà quyết định dời lên đồi Dương Xuân Thượng, một vùng hoang vu đầy tre trúc, suối reo.

Năm Quý Sửu (1913), thảo am hoàn thành và Sư bà mời Hòa thượng Giác Tiên (tên tục Nguyễn Duy Quyển, 1880-1936) về làm trụ trì, chính thức đặt tên chùa là Trúc Lâm Đại Thánh Tự – gợi nhớ đến Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử của Trần Nhân Tông và thời kỳ Trúc Lâm thời Phật. Hòa thượng Giác Tiên, thuộc dòng Lâm Tế chánh tông đời thứ 42, là một bậc danh tăng tài ba. Ông xuất gia từ năm 15 tuổi tại chùa Từ Hiếu, thọ Cụ túc giới năm 1910 và nhanh chóng trở thành trụ cột Phật giáo miền Trung. Dưới sự dẫn dắt của ngài, chùa Trúc Lâm Huế từ một thảo am nhỏ bé trở thành trung tâm đào tạo tăng tài đầu tiên ở khu vực. Năm 1928, ngài mở trường Phật học sơ cấp; đến năm 1934, thành lập trường Đại học Phật giáo với 50 học tăng.
Năm 1931, Hòa thượng Giác Tiên vận động thành lập Hội An Nam Phật Học (tiền thân của Giáo hội Phật giáo Việt Nam), với trụ sở chính tại chùa. Năm 1932, vua Bảo Đại ban sắc chỉ công nhận chùa là "Sắc tứ Trúc Lâm Đại Thánh Tự". Ngài viên tịch năm 1936, thọ 57 tuổi, để lại di huấn sâu sắc về việc truyền chánh pháp và độ chúng sinh. Kế vị là Hòa thượng Mật Hiển (1907-1992), đệ tử xuất sắc của Giác Tiên, người đã lãnh đạo Giáo hội Tăng già Trung Việt (1953-1955), tham gia thành lập Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất (1964) và giữ chức Phó Pháp chủ Hội đồng Chứng minh GHPGVN (1981). Dưới thời ngài, chùa trải qua các đợt trùng tu lớn năm 1942, 1968 và 1992, biến nơi đây thành biểu tượng của sự kiên cường Phật giáo qua chiến tranh và biến động lịch sử.



