Hang Va nằm trong vùng núi đá vôi thuộc Vườn Quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng, vốn là một trong những hệ thống núi đá vôi cổ nhất ở châu Á, có niên đại hình thành từ 400 - 450 triệu năm trước. Quá trình này diễn ra trong môi trường biển nông, nơi tích tụ xác sinh vật biển có vỏ canxi cacbonat, sau đó bị nén chặt và xi măng hóa. Mặc dù nằm trong khối đá vôi cổ đại, bản thân Hang Va được các chuyên gia nhận định là có độ tuổi tương đối trẻ, khoảng 2 - 3 triệu năm tuổi.
Khu vực này trải qua nhiều giai đoạn kiến tạo địa chất, tạo ra các hệ thống khe nứt, đứt gãy trong khối đá vôi. Các nếp đứt gãy này đóng vai trò là đường dẫn chính cho nước xâm nhập và khởi đầu quá trình karst hóa. Việc Hang Va có cùng nếp đứt gãy địa chất với Hang Sơn Đoòng càng khẳng định vai trò của yếu tố kiến tạo trong sự hình thành của chúng.
Cơ chế hình thành chính xác của những cột thạch nhũ hình tháp nón này vẫn còn là một bí ẩn đối với các nhà khoa học. Giả thuyết được đưa ra là do sự kết hợp giữa đặc trưng của các nón nhũ và tháp đá vôi dạng tù. Lớp bùn mềm bao phủ bên ngoài và cấu trúc phức tạp bên trong sau khi rửa trôi càng làm tăng thêm sự độc đáo của chúng.

Sự độc đáo của hệ thống địa chất Hang Va không phải là một hiện tượng ngẫu nhiên mà là kết quả của một quá trình kiến tạo địa chất lâu dài và phức tạp kéo dài hàng trăm triệu năm. Việc hiểu rõ lịch sử này giúp chúng ta trân trọng hơn giá trị tự nhiên và khoa học của kỳ quan thiên nhiên này.


