Lịch sử hình thành của Huyền Không Sơn Thượng gắn liền với hành trình biến vùng đất đồi trọc thành một chốn thiền tịnh giữa rừng thông Huế. Năm 1976, Thượng tọa Giới Đức được Hòa thượng Viên Minh giao trách nhiệm trụ trì, chọn vùng đồi hoang vắng để xây dựng am tu hành. Đến năm 1978, chùa được dời từ khu vực Hải Vân - Lăng Cô về thôn Nhan Biểu (nay là Đồng Chầm).
Năm 1988, nhà chùa được cấp 50,4 ha đất đồi trọc để trồng rừng, biến khu vực khô cằn thành rừng nguyên sinh xanh mát với thông, keo, tre, trúc và cây cảnh quý. Năm 1989, chính thức khai sơn tại vị trí hiện nay trên diện tích khoảng 10.000 m². Đến năm 1992, Thượng tọa Giới Đức trao quyền trụ trì cho Đại đức Pháp Tông, mở ra giai đoạn phát triển ổn định. Năm 1993, Chánh điện được khởi công xây dựng, đánh dấu sự hoàn thiện dần của ngôi chùa. Từ một am tre nhỏ, qua hơn 20 năm lao động cần mẫn, Huyền Không Sơn Thượng đã trở thành biểu tượng của sự kiên trì và hòa hợp với thiên nhiên.



