Chùa Từ Đàm là một trong những ngôi chùa cổ kính và có ảnh hưởng lớn nhất đối với Phật giáo Việt Nam. Chùa được Thiền sư Minh Hoằng – Tử Dung khai sơn vào khoảng cuối thế kỷ XVII trên đồi Hoàng Long, dưới thời chúa Nguyễn Phúc Thái. Ban đầu, nơi đây chỉ là một tịnh thất đơn sơ mang tên Ấn Tôn Tự, với ý nghĩa lấy sự giác ngộ và truyền tâm làm cốt lõi của con đường tu học. Đến năm 1703, chùa được chúa Nguyễn Phúc Chu ban biển Sắc tứ Ấn Tôn Tự, đánh dấu bước phát triển quan trọng trong lịch sử. Đây cũng là nơi Thiền sư Liễu Quán đến tham học và được truyền tâm ấn, đặt nền móng cho dòng thiền Tử Dung – Liễu Quán, một trong những dòng thiền có sức ảnh hưởng sâu rộng ở Đàng Trong.
Trải qua nhiều biến động lịch sử, đặc biệt là thời kỳ chiến tranh Tây Sơn, ngôi chùa từng bị hư hại nặng và được trùng tu nhiều lần. Đến năm 1841, vua Thiệu Trị đổi tên thành Từ Đàm Tự, mang ý nghĩa "đám mây lành của Phật pháp", tên gọi vẫn được lưu giữ cho đến ngày nay.
Bước sang thế kỷ XX, Chùa Từ Đàm trở thành trung tâm của phong trào Chấn hưng Phật giáo Việt Nam. Nơi đây từng là trụ sở của An Nam Phật học Hội, là địa điểm tổ chức Đại hội thành lập Tổng Hội Phật giáo Việt Nam năm 1951, đồng thời ghi dấu nhiều sự kiện quan trọng trong phong trào đấu tranh vì tự do tín ngưỡng những năm 1960.




