Lịch sử Nhà thờ Đức Mẹ Hằng Cứu Giúp Huế gắn liền với quá trình hình thành và phát triển của Dòng Chúa Cứu Thế tại Việt Nam. Năm 1925, theo lời mời của Tòa Thánh, ba vị thừa sai người Canada gồm Linh mục Hubert Cousineau, Linh mục Eugène Larouche và Tu sĩ Barnabé St-Pierre đã đến Huế vào ngày 30/11/1925. Tại đây, các ngài được Giám mục Eugène Marie Allys đón tiếp và tạm cư tại Nhà Chung, đặt nền móng cho sự hiện diện của Dòng tại cố đô.
Ngày 8/12/1925, cộng đoàn Tu viện Đức Mẹ Hằng Cứu Giúp chính thức được thành lập. Sau đó, Dòng mua đất vào năm 1927, khởi công xây dựng tu viện năm 1928 và hoàn thành vào đầu năm 1929. Đến tháng 3/1929, cộng đoàn được Tòa Thánh công nhận và chính thức đi vào hoạt động. Những năm tiếp theo, Dòng xây dựng nguyện đường nhỏ (1933) phục vụ nhu cầu sinh hoạt tôn giáo, đồng thời thu hút ngày càng đông giáo dân từ các vùng lân cận đến sinh sống, hình thành cộng đồng tín hữu ổn định vào khoảng năm 1940.

Bước ngoặt quan trọng diễn ra vào ngày 5/6/1954 khi Giáo xứ Đức Mẹ Hằng Cứu Giúp chính thức được thành lập. Trước nhu cầu ngày càng lớn của giáo dân, công trình nhà thờ mới được khởi công năm 1959 dưới sự hướng dẫn của Cha Phanxicô Xaviê Trần Văn Hưng. Công trình do kiến trúc sư Nguyễn Mỹ Lộc thiết kế, với sự tham gia thi công của đông đảo nhân lực, và được khánh thành, cung hiến vào ngày 12/8/1962 bởi Tổng Giám mục Phêrô Máctinô Ngô Đình Thục.
Sau năm 1975, nhà thờ tiếp tục duy trì vai trò là trung tâm sinh hoạt tôn giáo và cộng đồng. Đến năm 2013, công trình được trùng tu, bổ sung thêm các hạng mục như đài Thánh Giuse, góp phần hoàn thiện không gian kiến trúc. Hiện nay, Nhà thờ Đức Mẹ Hằng Cứu Giúp vẫn là một trong những giáo xứ quan trọng của Tổng Giáo phận Huế, với nhiều hoạt động sinh hoạt tôn giáo và cộng đồng diễn ra thường xuyên.

