Nếu mưa nhỏ hoặc vừa và mực nước sông Son vẫn ổn định, hành trình tham quan thường vẫn diễn ra bình thường. Du khách vẫn có thể ngồi thuyền vào cửa động, khám phá khoảng 1–1,5 km tuyến tham quan, từ hang nước đến một phần hang khô, và chiêm ngưỡng những khối thạch nhũ mang hình dáng độc đáo như Phật Bà, Sư tử, Ngai vàng,…
Ngược lại, mưa lớn kéo dài hoặc mưa từ thượng nguồn khiến nước sông dâng cao có thể khiến thuyền không thể di chuyển sâu vào động hoặc hoạt động tham quan phải tạm dừng. Vì vậy, mưa tại Phong Nha chưa hẳn là yếu tố quyết định; mực nước sông và điều kiện an toàn thực tế mới là điều cần quan tâm. Đặc biệt, mùa mưa cũng mang đến cho Phong Nha một vẻ đẹp rất riêng: sông Son đậm màu phù sa, núi rừng xanh mướt, không khí dịu mát và lượng khách thường thưa hơn. Bên trong động, nhiệt độ tương đối ổn định quanh năm, giúp hành trình khám phá vẫn giữ được sức hấp dẫn khi điều kiện tham quan cho phép.



