Thời tiết mưa ở Quảng Bình thường mang theo lượng nước lớn, ảnh hưởng trực tiếp đến các hoạt động du lịch tại Động Phong Nha. Động Phong Nha là "động nước" với lối vào qua sông Son, nên khi mưa lớn, mực nước sông dâng cao có thể che khuất cửa hang, khiến thuyền du lịch không thể tiếp cận. Nước sông cũng trở nên đục ngầu do phù sa, làm giảm độ trong xanh thường thấy vào mùa khô. Theo thông tin từ Trung tâm Du lịch Phong Nha - Kẻ Bàng, mưa lớn có thể gây sạt lở đường, ngập lụt và gián đoạn các hoạt động ngoài trời như chèo kayak hay zipline tại Sông Chày - Hang Tối. Ngoài ra, mưa làm tăng độ ẩm trong hang, tạo nên những thác nước nhỏ đổ từ trần hang, nhưng cũng tăng nguy cơ trơn trượt trên lối đi.
Tuy nhiên, không phải tất cả đều tiêu cực. Mùa mưa mang lại vẻ đẹp hoang sơ, xanh tươi hơn cho rừng quốc gia, với cây cối tươi tốt và không khí mát mẻ (nhiệt độ trung bình 20-25°C).
