Chùa Phước Duyên được xây dựng trên nền một di tích Phật giáo có lịch sử lâu đời. Theo các tư liệu và truyền thuyết địa phương, trước đây khu vực này từng tồn tại chùa Ốc Tiêu (Ốc Tiêu cổ tự) – một ngôi chùa nhỏ do người dân lập nên để thờ Quan Công. Trải qua nhiều biến động của lịch sử, đặc biệt trong thời kỳ Tây Sơn, ngôi chùa cổ đã bị phá hủy hoàn toàn, chỉ còn lại nền đất hoang vắng. Đến năm 1948 (Mậu Tý), Hòa thượng Thích Đảnh Lễ (1918–1968, pháp danh Tâm Ưng) đã phát tâm khai sơn, dựng lại ngôi chùa trên nền đất cũ và đặt tên là Phước Duyên. Thuở ban đầu, chùa chỉ là một am tranh đơn sơ, phục vụ nhu cầu tu học và sinh hoạt tín ngưỡng của người dân trong vùng. Với tâm nguyện hoằng dương Phật pháp, Hòa thượng không chỉ từng bước xây dựng cơ sở vật chất mà còn hình thành một đạo tràng tu học vững mạnh, lấy tinh thần chánh niệm, phụng sự cộng đồng và giáo hóa làm nền tảng phát triển.
Qua hơn bảy thập kỷ, Chùa Phước Duyên đã nhiều lần được trùng tu, tôn tạo và ngày càng khang trang. Sau khi Hòa thượng Thích Đảnh Lễ viên tịch, ngôi chùa tiếp tục được kế thừa và phát triển bởi các thế hệ tăng chúng. Đặc biệt, Hòa thượng Thích Thái Hòa đã có nhiều đóng góp quan trọng trong việc phát triển đạo tràng, đồng thời là một học giả Phật giáo uyên thâm với nhiều công trình nghiên cứu, biên soạn và dịch thuật có giá trị. Ngày nay, Chùa Phước Duyên không chỉ là một điểm đến tâm linh thanh tịnh mà còn là minh chứng cho sức sống bền bỉ của Phật giáo trên vùng đất Cố đô. Từ một nền chùa cổ từng bị chiến tranh và biến động lịch sử xóa nhòa, nơi đây đã hồi sinh trở thành một tự viện trang nghiêm, góp phần gìn giữ và lan tỏa những giá trị văn hóa, tâm linh đặc sắc của Huế – vùng đất được mệnh danh là "Kinh đô Phật giáo" của Việt Nam.
