Ít ai biết rằng, trước khi trở thành Di sản Thiên nhiên Thế giới, động Phong Nha từng là một không gian tín ngưỡng quan trọng của Vương quốc Chăm Pa. Từ khoảng thế kỷ II đến thế kỷ XI, vùng đất Quảng Bình ngày nay nằm trong khu vực giao thoa của các tiểu quốc Chăm Pa, đặc biệt phát triển dưới thời vương triều Indrapura (thế kỷ IX–X). Chính bối cảnh lịch sử ấy đã để lại nhiều dấu ấn văn hóa quý giá trong lòng hang động.
Các di tích Chăm Pa được phát hiện tại Động Phong Nha chủ yếu có niên đại từ thế kỷ IX đến đầu thế kỷ XI. Năm 1899, linh mục và học giả người Pháp Léopold Cadière là người đầu tiên ghi nhận những dấu tích này qua các cuộc khảo sát khoa học. Ông đã phát hiện bàn thờ bằng gạch, tượng đá, mảnh gốm và đặc biệt là 97 ký tự cổ được khắc trên vách đá tại Hang Bi Ký – một nhánh hang nằm sâu trong Động Phong Nha.
Đến năm 2015, các nghiên cứu của chuyên gia Arlo Griffiths (Trường Viễn Đông Bác Cổ – EFEO) xác định những văn bia này được khắc vào khoảng đầu thế kỷ XI (1000–1020). Nội dung văn bia sử dụng chữ Sanskrit và chữ Chăm cổ, phản ánh sự giao thoa giữa Ấn Độ giáo và Phật giáo Đại thừa, đồng thời cho thấy trình độ văn hóa, tôn giáo phát triển của người Chăm thời bấy giờ.
Nhiều nhà nghiên cứu cho rằng Hang Bi Ký từng là một thánh đường linh thiêng của người Chăm, nơi đặt bệ thờ, tượng thần và tổ chức các nghi lễ tôn giáo. Việc lựa chọn một hang động giữa vùng núi đá vôi làm nơi thờ tự không chỉ thể hiện tín ngưỡng đặc trưng mà còn cho thấy sự thích nghi và hiểu biết sâu sắc của người Chăm đối với địa hình karst độc đáo của Quảng Bình. Ngày nay, những dấu tích ấy vẫn hiện diện như những chứng nhân thầm lặng của lịch sử, góp phần khẳng định Động Phong Nha không chỉ là kỳ quan thiên nhiên nổi tiếng mà còn là một không gian lưu giữ những giá trị văn hóa, khảo cổ đặc biệt của nền văn minh Chăm Pa trên dải đất miền Trung.
