Động Phong Nha không phải là một phát hiện đột ngột mà là kết quả của nhiều thế hệ con người tiếp cận và khám phá. Theo các tài liệu lịch sử, người Chăm Pa cổ được coi là những người đầu tiên phát hiện và sử dụng động này từ hàng nghìn năm trước, khi vùng đất Quảng Bình còn thuộc Vương quốc Chăm Pa (từ thế kỷ 2 đến năm 1832). Bằng chứng là các văn tự Chăm Pa cổ được khắc trên vách đá trong hang, cho thấy họ đã coi nơi đây là địa điểm tôn giáo và trú ẩn.
Đến thế kỷ 16, Dương Văn An – một học giả Việt Nam, là người đầu tiên ghi chép về Động Phong Nha trong tác phẩm "Ô Châu cận lục" năm 1550. Ông mô tả động như một hang động kỳ vĩ với dòng sông ngầm và nhũ đá lung linh. Tuy nhiên, phải đến cuối thế kỷ 19, linh mục người Pháp Léopold Michel Cadière mới thực sự đưa động vào bản đồ thám hiểm hiện đại. Năm 1899, ông khám phá các chữ viết Chăm và tôn vinh Phong Nha là "Đông Dương đệ nhất động". Sau đó, nhà thám hiểm người Anh Barton (1924) và các đoàn khảo sát Anh-Việt từ những năm 1990 đã góp phần làm rõ hơn về quy mô của động.
Tóm lại, Động Phong Nha do người Chăm Pa cổ phát hiện đầu tiên, nhưng các nhà thám hiểm phương Tây và Việt Nam đã đưa nó vào ánh sáng khoa học.
