Trước khi Phong Nha được các nhà nghiên cứu khảo sát và giới thiệu rộng rãi, nơi đây đã được con người biết đến từ nhiều thế kỷ trước. Những dấu tích còn lại trong hang cho thấy người Chăm từng hiện diện tại khu vực này, đặc biệt qua các văn tự Chăm cổ cùng những di vật liên quan đến tín ngưỡng được tìm thấy tại Hang Bi Ký. Các dấu tích này được cho là có niên đại khoảng thế kỷ IX–XI, cho thấy hang từng có giá trị về mặt tín ngưỡng đối với cư dân cổ.
Đến khoảng thế kỷ XVI, Phong Nha xuất hiện trong Ô Châu cận lục của Dương Văn An. Những ghi chép về núi Kẻ Bàng và cảnh quan kỳ lạ nơi đây trở thành một trong những tư liệu sớm của người Việt về vùng đất này. Sau đó, vào cuối thế kỷ XIX, Léopold Michel Cadière tiến hành khảo sát Phong Nha và ghi nhận nhiều dấu tích quan trọng. Những chuyến đi của ông góp phần đưa Phong Nha bước ra khỏi phạm vi một địa danh được người dân địa phương biết đến, trở thành đối tượng được giới nghiên cứu quan tâm.



