Lịch sử của Vườn Thiệu Phương gắn liền với thời kỳ thịnh vượng của triều Nguyễn, bắt đầu từ năm Minh Mạng thứ 9 (1828). Vua Minh Mạng đã cho xây dựng khu vườn ở phía Đông Tử Cấm Thành, ngay bên trong cửa Hưng Khánh, với cửa chính hướng Nam nhìn ra Duyệt Thị Đường – nơi tổ chức các buổi biểu diễn nghệ thuật cung đình. Từ đó, khu vườn trở thành không gian thanh tĩnh để nhà vua nghỉ ngơi, chiêm nghiệm và thực hành triết lý hòa hợp “thiên – địa – nhân”.
Đến năm 1841, dưới triều vua Thiệu Trị, Vườn Thiệu Phương bước vào giai đoạn rực rỡ nhất. Trong thời gian cư tang gần ba năm, nhà vua biến điện Hoàng Phúc thành trung tâm sinh hoạt và chính sự, đồng thời cho xây dựng thêm nhiều công trình mới: đình bát giác Nhân Thanh Bát Biểu, ao sen Liên Trì, thủy tạ Trừng Quang Tạ (nguyên là Lương Đình Điếu Ngư) bên hồ Ngọc Dịch. Đây cũng là giai đoạn vườn chứng kiến nhiều dấu mốc lịch sử, trong đó có việc chôn giấu kho báu của vua Minh Mạng hơn 39.964 nén bạc, tương đương 15 tấn, tại những hố bí mật trong khuôn viên.
Tuy nhiên, từ thời vua Đồng Khánh (1886 – 1889), biến động chính trị và giai đoạn “Tứ Nguyệt Tam Vương” đã khiến khu vườn dần bị triệt giải. Đến năm 1896, dưới triều Thành Thái, điện Hoàng Phúc bị tháo dỡ, để lại Vườn Thiệu Phương trong tình trạng hoang phế suốt gần một thế kỷ. Dẫu vậy, phần kiến trúc Vạn Tự Hồi Lang vẫn còn nguyên vẹn, trở thành cơ sở quan trọng cho những nỗ lực phục hồi sau này.
Bước sang thế kỷ XXI, Vườn Thiệu Phương bắt đầu hồi sinh. Từ năm 2002, Trung tâm Bảo tồn Di tích Cố đô Huế phối hợp với Hội Nghệ thuật Mới (Pháp) tổ chức hội thảo khoa học, dựa trên kết quả khảo cổ 1999 – 2002 để tiến hành tái thiết. Hiện nay, dù chỉ còn khoảng 2/3 diện tích so với nguyên gốc, khu vườn đã được phục dựng và thích nghi, trở thành minh chứng sống động cho sức sống bền bỉ của di sản Huế trước dòng chảy thăng trầm của lịch sử.
