Secondo i documenti storici e le iscrizioni epigrafiche pervenute fino a noi, la Pagoda Tam Thai fu fondata intorno al 1630, durante la dinastia dei Le Posteriori, in un'epoca in cui il territorio di Dang Trong stava gradualmente diventando un vivace centro commerciale e culturale. Da modesto tempio montano, Tam Thai si trasformò progressivamente in un luogo di meditazione e propagazione del Dharma per generazioni di monaci, tra cui il maestro zen Hung Lien, illustre figura nella storia del buddismo di Dang Trong alla fine del XVII secolo.
Al maestro zen Hung Lien è riconosciuto un ruolo fondamentale nella diffusione della scuola zen Tao Dong a Dang Trong e nella costituzione della comunità monastica a Tam Thai. Da allora, il tempio non ha solo svolto la funzione di luogo di culto buddista, ma ha anche acquisito una posizione di rilievo nella vita religiosa dell'epoca. Il nome Tam Thai deriva proprio dalla conformazione della montagna: le tre piccole alture sulla sommità del monte Thuy Son si susseguono formando tre livelli morfologici, evocando la costellazione di Tam Thai secondo l'antica concezione astronomica orientale.

La storia della pagoda è stata segnata anche da numerosi eventi turbolenti. Durante il periodo Tay Son, Tam Thai fu gravemente devastata dai conflitti bellici. Nel 1825, sotto il regno dell'imperatore Minh Mang, il tempio fu ricostruito su vasta scala. Il sovrano le conferì il titolo onorifico di Pagoda Nazionale, donando al contempo una targa con l'iscrizione imperiale «Ngu che Tam Thai Tu» e una placca d'oro a forma di cuore di fuoco incisa di suo pugno. Queste preziose testimonianze storiche sono custodite tuttora presso la pagoda.
Successivamente, la Pagoda Tam Thai subì ulteriori danni e restauri. Una violenta tempesta nel 1901 distrusse quasi completamente la struttura; nel 1907, il complesso fu ricostruito grazie alle donazioni di monaci, monache e fedeli buddisti. Gli interventi di restauro negli anni 1964, 1968, 1995–1996 e negli anni seguenti hanno permesso di preservare l'edificio fino ai giorni nostri, mantenendo intatto il fascino antico di un tempio presente sul monte Thuy Son da molti secoli.


