Il Quốc Tử Giám di Hue fu fondato nel 1803, subito dopo che l'imperatore Gia Long unificò il Paese e scelse Hue come capitale. Inizialmente l'istituto si chiamava Đốc Học Đường (o Quốc Học Đường), situato nel villaggio di An Ninh Thuong, distretto di Huong Tra, un'area che oggi appartiene al borgo di An Binh, quartiere di Kim Long. Il complesso sorgeva accanto al Tempio della Letteratura e si affacciava direttamente sul Fiume dei Profumi, una posizione scelta secondo i principi del feng shui confuciano: vicino all'acqua, ariosa e in perfetta armonia con la natura.
Nel 1820, l'imperatore Minh Mang ribattezzò la scuola Quốc Tử Giám (Accademia Imperiale), inaugurando una fase di forte sviluppo per l'istruzione sotto la dinastia Nguyen. Appena un anno dopo, il complesso venne ampliato con la costruzione del Di Luan Duong come aula magna principale, affiancata da due file di aule studio, ciascuna composta da 19 campate. Durante l'era Tu Duc (1848–1854), la struttura fu ulteriormente arricchita con un edificio di 9 campate, mura perimetrali in mattoni, alloggi per gli studenti e due porte secondarie loro riservate. Nel 1854, l'imperatore Tu Duc compose inoltre un testo in prosa e una poesia, incisi su una stele di pietra eretta nel cortile, a testimonianza dell'alta considerazione per la conoscenza e per la tradizione dello studio.

L'accademia subì gravi danni a causa della tempesta Giap Thin del 1904, ma venne prontamente restaurata. Nel 1908, sotto il regno dell'imperatore Duy Tan, il Quốc Tử Giám fu trasferito all'interno della Cittadella (nella sede attuale in via 23 Thang 8) per facilitarne l'amministrazione e l'organizzazione dei cerimoniali. Nel 1923, il padiglione Tan Tho Vien divenne il Museo Khai Dinh, mentre una nuova biblioteca intitolata a Bao Dai fu edificata dietro il Di Luan Duong. Il Quốc Tử Giám rimase attivo fino al 1945, anno in cui cadde la dinastia Nguyen e si concluse ufficialmente l'era dell'istruzione confuciana.
Negli oltre 120 anni della sua storia, il Quốc Tử Giám di Hue ha formato più di 500 dottori imperiali (tiến sĩ) e laureati con lode (phó bảng), attraendo studiosi da ogni regione del Paese, inclusi rampolli della famiglia reale e allievi d'élite. I primi esami di Stato a corte furono organizzati nel 1822, e i nomi dei candidati ammessi vennero incisi sulle stele collocate presso il vicino Tempio della Letteratura.


