Núi Bái Đính, nơi chùa tọa lạc, từ lâu đã là vùng đất thiêng gắn bó với các vị anh hùng dân tộc. Theo sử sách, đây chính là nơi vua Đinh Tiên Hoàng (Đinh Bộ Lĩnh) lập đàn tế trời đất để cầu mưa thuận gió hòa, củng cố nền tảng cho triều đại nhà Đinh thế kỷ X. Hơn 800 năm sau, năm 1789, vua Quang Trung – Nguyễn Huệ, cũng chọn Bái Đính làm nơi tế cờ, động viên quân sĩ trước khi đại phá quân Thanh tại Thăng Long, mở ra một chương sử hào hùng của dân tộc.
Chùa Bái Đính cổ (Bái Đính cổ tự) được khởi lập năm 1136 dưới thời nhà Lý bởi Lý Quốc sư Nguyễn Minh Không (1065–1141) – một thiền sư, danh y và pháp sư tài danh. Tương truyền, khi tìm cây thuốc chữa bệnh “hóa hổ” cho vua Lý Thần Tông, ông phát hiện vùng núi Đính với hang động đẹp, rừng cây thuốc quý, nên dựng chùa thờ Phật và xây “vườn sinh dược” cứu chữa muôn dân. Ông được nhân dân tôn xưng là “Đức Thánh Nguyễn”.

Nhưng lịch sử Chùa Bái Đính thực sự bắt nguồn từ huyền thoại về Thiền sư Nguyễn Minh Không (1059-1141), vị quốc sư triều Lý nổi tiếng với tài chữa bệnh và đúc tượng Phật. Tương truyền, sau khi chữa khỏi bệnh cho vua Lý Thần Tông bằng bài thuốc "cây vạn tuế" từ động tối Bái Đính, ngài đã quyết định tu hành tại đây. Năm 1136, Nguyễn Minh Không sáng lập chùa cổ trên đỉnh núi, biến Bái Đính thành "miền đất Phật" với các hang động thiêng: Hang Sáng thờ Phật và thần Cao Sơn (bảo hộ vòng thành Hoa Lư), Động Tối thờ Mẫu Thượng Ngàn và giếng Ngọc – nguồn nước bất tận tượng trưng cho sự trường tồn. Những câu chuyện ly kỳ này không chỉ làm phong phú lịch sử Chùa Bái Đính mà còn khẳng định vai trò của Phật giáo như quốc giáo dưới triều Lý, góp phần phục hưng văn hóa dân tộc sau thời kỳ Bắc thuộc.



