Để có một chuyến đi trọn vẹn và tận hưởng trọn vẹn vẻ đẹp của Động Phong Nha, việc lựa chọn thời điểm phù hợp là rất quan trọng. Quảng Bình có hai mùa rõ rệt: mùa khô (tháng 3 - tháng 9) và mùa mưa (tháng 10 - tháng 2 năm sau). Mỗi mùa đều có những nét đặc trưng riêng, mang đến những trải nghiệm khác biệt cho du khách.
Mùa khô (tháng 3 - tháng 9):
Mùa khô là giai đoạn tuyệt vời nhất để tham quan Động Phong Nha. Thời tiết khô ráo, ít mưa, tạo điều kiện thuận lợi cho việc di chuyển và khám phá hang động cũng như tham gia các hoạt động ngoài trời như tắm suối, đi bộ đường dài, cắm trại… Đặc biệt, dòng sông Son trong vắt vào mùa này, giúp bạn có thể chiêm ngưỡng trọn vẹn vẻ đẹp thơ mộng của con sông huyền thoại.
Tuy nhiên, mùa hè ở Quảng Bình khá nóng, đặc biệt vào tháng 6, 7, 8. Vì vậy, du khách nên chuẩn bị trang phục thoáng mát, kem chống nắng, mũ nón và luôn mang theo nước để tránh mất nước. Ngoài ra, đây cũng là mùa cao điểm du lịch, lượng khách đổ về đông đúc, nhất là vào các dịp lễ và cuối tuần. Để tránh tình trạng cháy phòng hoặc giá dịch vụ tăng cao, bạn nên đặt trước khách sạn và tour tham quan từ sớm.
Mùa mưa (tháng 10 - tháng 2)
Mùa mưa mang đến một diện mạo hoàn toàn khác cho Động Phong Nha, mát mẻ, trong lành, không còn cái nắng gay gắt của mùa hè. Cảnh quan thiên nhiên cũng trở nên xanh tươi, lãng mạn hơn sau những cơn mưa, mang đến cho du khách cảm giác thư thái, nhẹ nhàng. Nếu bạn yêu thích không gian tĩnh lặng, ít đông đúc, đây sẽ là khoảng thời gian lý tưởng để tận hưởng vẻ đẹp nguyên sơ của hang động.
Tuy nhiên, mùa mưa cũng đi kèm với một số hạn chế. Mưa rào hoặc mưa lớn bất chợt có thể ảnh hưởng đến lịch trình tham quan, vì vậy bạn nên mang theo áo mưa, ô dù và kiểm tra dự báo thời tiết trước khi xuất phát. Nước sông Son vào mùa này có thể đục hơn do mưa lũ, nhưng vẫn đảm bảo an toàn cho các chuyến tham quan bằng thuyền. Một số hoạt động ngoài trời như cắm trại, trekking có thể bị hạn chế do điều kiện thời tiết không thuận lợi.