Quoc Tu Giam de Hue fue fundada en 1803, poco después de que el rey Gia Long unificara el país y estableciera Hue como capital del reino. Inicialmente, la institución se denominaba Doc Hoc Duong (o Quoc Hoc Duong) y estaba ubicada en la aldea de An Ninh Thuong, distrito de Huong Tra (actualmente en la aldea de An Binh, barrio de Kim Long). El recinto se situaba junto al Templo de la Literatura (Van Mieu) y frente al río Huong (río Perfume), una ubicación elegida según los principios del feng shui confuciano: cercana al agua, espaciosa y en perfecta armonía con la naturaleza.
En 1820, el emperador Minh Mang cambió el nombre de la institución a Quoc Tu Giam, dando inicio a un período de notable florecimiento educativo bajo la dinastía Nguyen. Tan solo un año más tarde, la academia se expandió con la construcción de Di Luan Duong como salón principal de conferencias, junto con dos alas laterales de aulas, cada una con 19 compartimentos. Durante el reinado de Tu Duc (1848–1854), el complejo continuó ampliándose con un edificio de 9 compartimentos, muros perimetrales de ladrillo, residencias estudiantiles y dos puertas secundarias exclusivas para los alumnos. En 1854, el rey Tu Duc compuso además un ensayo y un poema grabados en una estela de piedra erigida frente al patio, destacando el inmenso valor del conocimiento y la devoción por el estudio.

La institución sufrió graves daños debido al tifón de Giap Thin en 1904, aunque fue restaurada poco después. En 1908, bajo el reinado del emperador Duy Tan, Quoc Tu Giam fue trasladada al interior de la Ciudadela Real (su ubicación actual en la calle 23 Thang 8) para facilitar la administración y la celebración de ceremonias. En 1923, Tan Tho Vien se convirtió en el Museo Khai Dinh, mientras que una nueva biblioteca llamada Biblioteca Bao Dai se edificó detrás de Di Luan Duong. Quoc Tu Giam permaneció en funcionamiento hasta 1945, cuando concluyó la dinastía Nguyen y finalizó oficialmente la educación confuciana tradicional.
A lo largo de sus más de 120 años de historia, Quoc Tu Giam de Hue formó a más de 500 doctores (Tien si) y graduados de segundo rango (Pho bang), atrayendo a eruditos de todo el país, entre ellos miembros de la nobleza real, estudiantes distinguidos y graduados provinciales. El primer examen metropolitano se celebró en 1822, y los nombres de los aprobados quedaron inmortalizados en las estelas situadas en el contiguo Van Mieu.


