후에 국자감은 자롱(Gia Long) 황제가 국가를 통일하고 후에를 도읍으로 정한 직후인 1803년에 창건되었습니다. 초기 명칭은 독학당(Đốc Học Đường, 또는 국학당)이었으며, 흐엉짜(Hương Trà)현 안닌트엉(An Ninh Thượng) 마을, 즉 현재의 낌롱(Kim Long)동 안빈(An Bình) 마을 일대에 자리 잡았습니다. 이 건축물은 문묘(Văn Miếu) 옆에 위치하여 흐엉강(Sông Hương)을 정면으로 마주하고 있었는데, 이는 물가와 가깝고 시야가 트여 자연과 조화를 이루는 유교적 풍수지리 사상을 반영한 것이었습니다.
1820년 민망(Minh Mạng) 황제는 학교의 명칭을 '국자감'으로 개칭하며 응우옌 왕조 교육의 전성기를 열었습니다. 바로 다음 해에는 본당 역할을 하는 이론당(Di Luân Đường)을 건립하고 좌우 양옆으로 각각 19칸에 달하는 강학 공간을 증축하였습니다. 뜨득(Tự Đức) 황제 재위 기간(1848~1854년)에는 9칸 규모의 건물과 벽돌 담장, 기숙사, 그리고 유생 전용 보조 출입문 두 곳이 추가로 조성되었습니다. 1854년 뜨득 황제는 직접 글과 시를 지어 정원 앞 석비에 새기도록 명함으로써 높은 학문적 열정과 숭학 전통을 기렸습니다.

국자감은 1904년 갑진년 대태풍으로 큰 피해를 입었으나 곧바로 중수되었습니다. 이후 1908년, 주이떤(Duy Tân) 황제 치세에 관리의 편의성과 각종 의례 거행을 위해 후에 황성 내부(현재의 8월 23일 거리 위치)로 이전하였습니다. 1923년에는 신서원(Tân Thơ Viện)이 카이딘(Khải Định) 박물관으로 개편되었고, 이론당 뒤편에 바오다이(Bảo Đại) 도서관이라는 새로운 서고가 신축되었습니다. 후에 국자감은 응우옌 왕조가 막을 내리고 전통 유학 교육이 공식적으로 종료된 1945년까지 국립 교육 기관으로서의 역할을 다했습니다.
120년이 넘는 역사 동안 후에 국자감은 왕족 자제, 음생(ấm sinh), 공생(cống sinh), 거인(cử nhân) 등 전국 각지에서 모여든 인재들을 교육하여 500명 이상의 진사와 부방(phó bảng)을 배출하였습니다. 첫 회시(Thi hội)는 1822년에 치러졌으며, 합격자들의 이름은 인근 문묘에 세워진 비석에 새겨져 오늘날까지 전해지고 있습니다.


