Bei leichtem oder mäßigem Regen und einem stabilen Wasserstand des Son-Flusses findet die Besichtigungstour in der Regel wie gewohnt statt. Besucher können weiterhin mit dem Boot zum Höhleneingang fahren, die etwa 1 bis 1,5 km lange Besichtigungsroute von der Wasserhöhle bis zu einem Teil der Trockenhöhle erkunden und faszinierende Tropfsteinformationen bewundern, die an die Göttin der Barmherzigkeit, Löwen oder einen königlichen Thron erinnern.
Im Gegensatz dazu können anhaltende starke Regenfälle oder Niederschläge flussaufwärts dazu führen, dass der Wasserstand des Flusses ansteigt, sodass Boote nicht tiefer in die Höhle vordringen können oder der Besichtigungsbetrieb vorübergehend eingestellt werden muss. Daher ist der Regen in Phong Nha nicht unbedingt der entscheidende Faktor; vielmehr sind der Wasserstand des Flusses und die tatsächlichen Sicherheitsbedingungen ausschlaggebend. Zudem verleiht die Regenzeit Phong Nha einen ganz eigenen Reiz: Der Son-Fluss färbt sich durch die Schwemmlandablagerungen intensiv, die Bergwälder erstrahlen in sattem Grün, die Luft ist angenehm kühl und es sind meist weniger Touristen unterwegs. Im Inneren der Höhle bleibt die Temperatur das ganze Jahr über relativ stabil, wodurch die Erkundungstour ihren Zauber behält, sofern die Besichtigungsbedingungen es erlauben.



