En cas de pluie fine ou modérée et si le niveau d'eau de la rivière Son reste stable, la visite se déroule généralement sans encombre. Les visiteurs peuvent toujours embarquer sur un bateau pour rejoindre l'entrée de la grotte, explorer le parcours d'environ 1 à 1,5 km allant de la partie aquatique à une section sèche, et admirer des formations de stalactites et stalagmites aux formes évocatrices telles que la déesse de la Miséricorde, le Lion, le Trône royal, etc.
En revanche, des pluies abondantes et prolongées ou des précipitations en amont faisant monter le niveau de la rivière peuvent empêcher les bateaux de s'aventurer profondément dans la cavité ou entraîner une suspension temporaire des visites. Ainsi, la pluie à Phong Nha n'est pas le seul facteur déterminant ; le niveau de l'eau et les conditions réelles de sécurité priment. De plus, la saison des pluies confère à Phong Nha un charme bien particulier : une rivière Son teintée d'alluvions, une végétation luxuriante, un climat plus frais et une affluence moindre. À l'intérieur, la température reste stable tout au long de l'année, préservant toute la magie de l'exploration dès lors que les conditions le permettent.



