Le Quoc Tu Giam de Hue a été fondé en 1803, peu après que l'empereur Gia Long eut unifié le pays et choisi Hue comme capitale. À l'origine, l'école s'appelait Doc Hoc Duong (ou Quoc Hoc Duong), située dans le hameau d'An Ninh Thuong, district de Huong Tra, un secteur faisant aujourd'hui partie du village d'An Binh, quartier de Kim Long. L'édifice se trouvait à côté du Temple de la Littérature et faisait directement face à la rivière des Parfums, un emplacement choisi selon les principes géomantiques confucéens : proche de l'eau, aéré et en parfaite harmonie avec la nature.
En 1820, l'empereur Minh Mang rebaptisa l'établissement Quoc Tu Giam, marquant ainsi le début d'une période de plein essor pour l'éducation sous la dynastie des Nguyen. Un an plus tard seulement, l'école s'agrandit avec la construction de la grande salle Di Luan Duong comme amphithéâtre principal, flanquée de deux rangées de salles de classe de 19 travées chacune. Sous le règne de Tu Duc (1848–1854), le complexe s'est encore enrichi d'un bâtiment de 9 travées, d'une enceinte en briques, de dortoirs pour les étudiants et de deux portes latérales qui leur étaient réservées. En 1854, l'empereur Tu Duc composa lui-même un texte et un poème gravés sur une stèle en pierre érigée dans la cour, illustrant l'importance accordée au savoir et à la tradition d'assiduité à l'étude.

L'institution a subi de lourds dégâts lors du typhon dévastateur de 1904, avant d'être restaurée. En 1908, sous le règne de l'empereur Duy Tan, le Quoc Tu Giam a été transféré à l'intérieur de la Cité impériale (son emplacement actuel, rue du 23 Août) afin de faciliter son administration et l'organisation des cérémonies rituelles. En 1923, le pavillon Tan Tho Vien est devenu le musée Khai Dinh, tandis qu'une nouvelle bibliothèque portant le nom de Bibliothèque Bao Dai a été érigée derrière le pavillon Di Luan Duong. Le Quoc Tu Giam a poursuivi ses activités jusqu'en 1945, date à laquelle la dynastie des Nguyen a pris fin, clôturant officiellement l'ère de l'enseignement confucéen traditionnel.
Au cours de ses 120 années d'existence, le Quoc Tu Giam de Hue a formé plus de 500 docteurs et lauréats aux concours impériaux, attirant des candidats de toutes les provinces du pays, y compris des descendants de la famille royale, des boursiers méritants et des licenciés. Le premier concours national s'y est tenu en 1822, et les noms des lauréats ont été gravés sur les stèles érigées dans le Temple de la Littérature attenant.


