Nước đục sau mưa là hiện tượng tự nhiên phổ biến tại các khu vực có địa hình karst như Vườn Quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng. Dưới đây là những nguyên nhân chính:
Địa hình karst và phù sa từ mưa lũ
Phong Nha - Kẻ Bàng sở hữu địa hình karst đặc trưng với núi đá vôi, hang động và hệ thống sông ngầm phức tạp. Khi mưa lớn dài ngày, nước chảy mạnh từ các khu vực cao xuống, cuốn theo bùn đất, phù sa và các hạt cặn từ bề mặt núi đá, rừng và đất nông nghiệp xung quanh. Những tạp chất này hòa vào dòng sông Son, suối Nước Moọc hay các dòng chảy khác, khiến nước chuyển từ màu xanh ngọc bích sang đục ngầu.

Hoạt động của sông ngầm
Hệ thống sông ngầm trong các hang động như động Phong Nha hay hang Tối đóng vai trò quan trọng trong việc cung cấp nước cho khu vực. Mưa lớn làm tăng lưu lượng nước trong các sông ngầm, khuấy động trầm tích và cặn bẩn tích tụ dưới đáy hang. Khi nước từ sông ngầm chảy ra ngoài, nó mang theo những hạt cặn này, góp phần làm nước đục hơn.
Biến đổi thời tiết và lũ lụt
Quảng Bình thường xuyên chịu ảnh hưởng của mưa bão, đặc biệt từ tháng 9 đến tháng 11. Những trận mưa lớn hoặc bão có thể gây lũ, làm nước sông dâng cao và cuốn theo nhiều bùn đất hơn. Trong những trường hợp này, nước không chỉ đục mà còn có thể gây ngập lụt, ảnh hưởng đến các điểm du lịch.